日銀は日本銀行法第41条に基づき、外国の中央銀行等や国際機関との間で、これらの先による円貨資産の運用や円資金の調達に協力するため、預り金業務、債券等保管業務、国債買取り等業務を行っている（日銀サイトの「教えて！にちぎん」より引用）。

外貨準備を運用する目的で、海外の中央銀行は日銀にも円建ての当座預金口座を開いている。合計で93口座あるそうで、全ての口座の預金残高の合計は13兆6000億円（3月末時点）となっている（日経新聞の記事より引用）。

日銀はこれまで、海外中銀の預金に利子はつけていなかった。しかし、6月5日以降は、それぞれの海外中銀の預金の一定額を超える預け入り金について、現金担保付き債券貸借（レポ）金利から算出する短期の実勢金利から0.05%を引いた利率を付けることにした。現在この短期金利はマイナス圏で推移しており、その結果、この付利金利もマイナス金利となる。

欧州中央銀行（ECB）も海外中銀の預金口座にマイナス金利を適用しており、日銀もこれに習った格好となるが、何故このタイミングではじめたのであろうか。システムなどの対応に時間が掛かった可能性もある。

ちなみに日銀が2016年1月に決定したマイナス金利政策におけるマイナス金利適用に際しても、金融機関の日銀当座預金の一部にマイナス金利が適用される仕組みとなっている。民間金融機関が日銀に預けている当座預金残高を年平均残高となる「基礎残高」、所要準備額と貸出支援制度などの利用額に基礎残高の一定割合となるマクロ加算額を加えた「マクロ加算残高」、当座預金残高から上記の２つの残高を除いた「政策金利残高」の３段階に分類し、このうちの「政策金利残高」の部分にマイナス金利が適用される格好となっている。

海外中銀の当座預金口座にマイナス金利を適用することによる影響としては、マイナス金利の適用を嫌って一部の資金が日銀の当座預金から流出する可能性はある。しかし、中銀預金などによる日銀への資金の預け入れは、資金運用というよりも必要に応じてのものとなっているとみられる。たとえば日銀が外国の中央銀行等との間で行う通貨スワップ取引の決済などにも預り金口座が利用されるなどしている。

このため今回の海外中銀の当座預金口座の一部にマイナス金利を付利することにより、日銀の当座預金から資金が大きく流出するような事態が生じることはないとみられる。