ジャパンネット銀行とPayPayは銀行代理業務で提携し、ジャパンネット銀行が提供する個人および法人・個人事業主の普通預金口座開設、個人向けカードローン、法人・個人事業主向けビジネスローンに関する業務を2020年12月1日からPayPayに委託する。PayPayは2020年11月26日付で銀行代理業の許可を受けている。

　これによってPayPayは、ユーザー向けに提供する「PayPay」アプリや加盟店向けの「PayPay for Business」の管理画面などで、ジャパンネット銀行の個人および法人・個人事業主の普通預金口座開設、個人向けカードローン、法人・個人事業主向けビジネスローンに関する勧誘・契約締結の媒介を行う。

　PayPay加盟店向けには「PayPay」の売上金を入金する口座としてジャパンネット銀行の口座を指定することで、入金手数料の永年無料化や売上金の翌日入金などを提供。一方「PayPay」ユーザー向けには、PayPay残高をジャパンネット銀行の口座へ出金する際の手数料を無料とする。

　ジャパンネット銀行は、2021年4月5日に「PayPay銀行」へ商号変更を行う予定。